| 【補足】 |
| 学校名及び選手名で、特殊な漢字を使用している為表示できない場合は「■」にしてあります。 一部手元に情報が無いためスタートリストのみの掲載の部分もあります。 |
| 部類 | 記録 | 氏名 | 所属 | 樹立年日 |
| 日本記録(NR) | 13.13.20 | 松宮 隆行 | コニカミノルタ | 2007 |
| 日本ジュニア記録(JR) | 13.31.72 | 佐藤 悠基 | 東海大学 | 2005 |
| 日本高校記録(HR) | 13.39.87 | 佐藤 秀和 | 仙台育英（宮城） | 2004 |
| 高校国内国際記録(IHR) | 13.22.58 | ジュリアス・ギタヒ | 仙台育英（宮城） | 1995 |
| 大会記録(GR) | 13.36.14 | ジョセファト・ムチリ・ダビリ | 流通経済大学付属柏（千葉） | 2003 |
| 男子5000m決勝 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名 | 備考 |
| 1 | 13'49"68 | ディション カルクワ | 鎮西（熊本） | |
| 2 | 13'52"46 | ビタン カロキ | 世羅（広島） | |
| 3 | 13'58"36 | マイケル ギチンジ | 青森山田（青森） | |
| 4 | 14'02"11 | 油布 郁人 | 大分東明（大分） | |
| 5 | 14'02"39 | 西池 和人 | 須磨学園（兵庫） | |
| 6 | 14'02"62 | 設楽 啓太 | 武蔵越生（埼玉） | |
| 7 | 14'02"87 | 松本 賢太 | 上野工（三重） | |
| 8 | 14'06"36 | 田村 優宝 | 青森山田（青森） | |
| 9 | 14'07"17 | 窪田 忍 | 鯖江（福井） | |
| 10 | 14'10"52 | 市田 孝 | 鹿児島実（鹿児島） | |
| 11 | 14'12"85 | 西 恭平 | 大牟田（福岡） | |
| 12 | 14'13"95 | 志方 文典 | 西脇工（兵庫） | |
| 13 | 14'15"57 | 末永 昂暉 | 九州国際大付（福岡） | |
| 14 | 14'15"78 | 大迫 傑 | 佐久長聖（長野） | |
| 15 | 14'16"87 | 新庄 翔太 | 西脇工（兵庫） | |
| 16 | 14'19"89 | ヌジェリ スティーブン | 福岡一（福岡） | |
| 17 | 14'35"45 | 五郎谷 俊 | 遊学館（石川） | |
| 18 | 14'37"48 | 石間 涼 | 浜松日体（静岡） | |
| 男子5000m予選１組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名 | 備考 |
| 1 | 14'20"93 | マイケル ギチンジ | 青森山田（青森） | Q |
| 2 | 14'20"98 | ディション カルクワ | 鎮西（熊本） | Q |
| 3 | 14'21"11 | 設楽 啓太 | 武蔵越生（埼玉） | Q |
| 4 | 14'21"61 | 志方 文典 | 西脇工（兵庫） | Q |
| 5 | 14'21"91 | 大迫 傑 | 佐久長聖（長野） | Q |
| 6 | 14'23"18 | 末永 昂暉 | 九州国際大付（福岡） | q |
| 7 | 14'32"15 | 五郎谷 俊 | 遊学館（石川） | q |
| 8 | 14'43"09 | 宮脇 千博 | 中京（岐阜） | |
| 9 | 14'45"31 | 永井 秀篤 | 高岡向陵（富山） | |
| 10 | 14'46"42 | 木田 貴大 | 学法石川（福島） | |
| 11 | 14'47"55 | 後藤 雅晴 | 須磨学園（兵庫） | |
| 12 | 14'51"59 | 有村 優樹 | 鹿児島実（鹿児島） | |
| 13 | 14'55"32 | 奥谷 裕一 | 鳴門（徳島） | |
| 14 | 14'57"37 | 多田 要 | 倉敷（岡山） | |
| 15 | 15'02"07 | 日向野 聖隆 | 佐野日大（栃木） | |
| 16 | 15'04"49 | 木村 勇貴 | 西京（山口） | |
| 17 | 15'04"55 | 長島 恒 | 柏日体（千葉） | |
| 18 | 15'16"48 | 沢野 健史 | 横浜（神奈川） | |
| 19 | 15'17"27 | 石川 源 | 徳島科学技術（徳島） | |
| 20 | 15'22"29 | 蛯名 聡勝 | 光星学院（青森） | |
| 21 | 15'39"90 | 小林 正章 | 尽誠学園（香川） | |
| 22 | 15'42"95 | 吉岡 翔 | 室蘭大谷（北海道） | |
| 男子5000m予選２組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名 | 備考 |
| 1 | 14'10"81 | ビタン カロキ | 世羅（広島） | Q |
| 2 | 14'13"22 | ヌジェリ スティーブン | 福岡一（福岡） | Q |
| 3 | 14'27"01 | 西 恭平 | 大牟田（福岡） | Q |
| 4 | 14'29"44 | 市田 孝 | 鹿児島実（鹿児島） | Q |
| 5 | 14'30"67 | 石間 涼 | 浜松日体（静岡） | Q |
| 6 | 14'39"00 | 中村 匠吾 | 上野工（三重） | |
| 7 | 14'42"24 | 後藤 竜也 | 室蘭大谷（北海道） | |
| 8 | 14'44"06 | 佐久間 建 | 田村（福島） | |
| 9 | 14'46"51 | 津野 浩大 | 高知農（高知） | |
| 10 | 14'49"72 | 上村 顕斗 | 九州学院（熊本） | |
| 11 | 14'50"76 | 鮫島 紋二郎 | 鎮西（熊本） | |
| 12 | 14'55"68 | 郡司 貴大 | 那須拓陽（栃木） | |
| 13 | 15'03"07 | 石田 駿介 | 鯖江（福井） | |
| 14 | 15'06"10 | 延藤 潤 | 三木（兵庫） | |
| 15 | 15'11"19 | 小川 恭平 | 柏日体（千葉） | |
| 16 | 15'16"80 | 設楽 悠太 | 武蔵越生（埼玉） | |
| 17 | 15'20"20 | 山本 拓郎 | 美馬商（徳島） | |
| 18 | 15'32"64 | 上田 拓 | 西京（山口） | |
| 19 | 15'40"73 | 伊藤 祐哉 | 市船橋（千葉） | |
| 20 | 15'52"47 | 小椋 裕介 | 札幌山の手（北海道） | |
| 21 | 15'54"16 | 山本 修平 | 時習館（愛知） | |
| 22 | 16'02"08 | 渡辺 和弥 | 恵庭南（北海道） | |
| 男子5000m予選３組 | ||||
| 順位 | 記録 | 名前 | 所属校名 | 備考 |
| 1 | 14'23"51 | 松本 賢太 | 上野工（三重） | Q |
| 2 | 14'23"60 | 西池 和人 | 須磨学園（兵庫） | Q |
| 3 | 14'26"07 | 田村 優宝 | 青森山田（青森） | Q |
| 4 | 14'26"08 | 油布 郁人 | 大分東明（大分） | Q |
| 5 | 14'26"43 | 窪田 忍 | 鯖江（福井） | Q |
| 6 | 14'27"10 | 新庄 翔太 | 西脇工（兵庫） | q |
| 7 | 14'34"79 | ジョセフ ムンガ | 豊川（愛知） | |
| 8 | 14'39"18 | 大津 顕杜 | 千原台（熊本） | |
| 9 | 14'55"97 | 今井 憲久 | 学法石川（福島） | |
| 10 | 14'56"15 | 文元 慧 | 洛南（京都） | |
| 11 | 14'59"25 | 須河 宏紀 | 富山商（富山） | |
| 12 | 15'00"03 | 横手 健 | 作新学院（栃木） | |
| 13 | 15'04"50 | 小櫃 裕太 | 西武台千葉（千葉） | |
| 14 | 15'10"49 | 宮本 悠矢 | 日本文理大付（大分） | |
| 15 | 15'10"77 | 広川 卓哉 | 室蘭大谷（北海道） | |
| 16 | 15'10"87 | 大西 亮 | 小松島西（徳島） | |
| 17 | 15'15"88 | 松山 雄太朗 | 自由ケ丘（福岡） | |
| 18 | 15'25"06 | 竹内 一輝 | 世羅（広島） | |
| 19 | 15'30"08 | 小泉 和也 | 鳥取中央育英（鳥取） | |
| 20 | 15'50"69 | 和田 涼汰 | 滝川西（北海道） | |
| - | - | 小泉 稜 | 狭山ケ丘（埼玉） | DNF |
| - | - | 岩崎 祐樹 | 富里（千葉） | DNS |
